Passo 1
Abra o caminho da startup folder do windows, abrindo esse diretório abaixo:
C:\programdata\microsoft\windows\start menu\programs\startup
Passo 2
Abra o local do arquivo .ahk
Clique com o botão direito e escolha Criar atalho (Create shortcut)
Passo 3
Arraste(ou ctrl+x crtl+v) o atalho criado para dentro da startup folder aberta no passo 1