Versões mais recentes da 3.3.85 já contemplam o recurso para otimizar o banco de dados, fazendo uma limpeza de cadastros mais antigos já inativados.
O tempo definido é o mesmo para excluir digitais, em Configurações do sistema > Avançado:
Para fazer a limpeza das digitais, acesse o Ícone que simboliza uma digital e clique em "Fazer limpeza":
Para limpar os cadastros de inativos antigos acesse Ferramentas > Otimizar banco de dados: